Komi-san, okulundaki herkesin hayran olduğu, güzelliği ve zarafetiyle herkesi büyüleyen bir öğrencidir. Ancak herkesin ulaşılmaz sandığı bu genç kızın büyük bir sırrı vardır; iletişim kurmakta aşırı zorluk yaşamaktadır. Sınıf arkadaşı Tadano, Komi-san'ın bu çekingenliğini fark eder ve ona 100 arkadaş edinme hedefinde yardımcı olmaya karar verir. Komi-san'ın dünyası, kurduğu bu yeni arkadaşlıklarla yavaş yavaş değişmeye başlayacaktır.